Der Graduierten-Akademie gehören aktuell vier Graduiertenschulen, zwei Graduiertenkollegs (ohne Bindung an eine Graduiertenschule) und eine Doktorandenschule an.

Doktorandenschule "Laboratorium Aufklärung"
(Geistes- und Sozialwissenschaftliche Fakultäten)

Leiterin: Prof. Dr. Gisela Mettele (Historisches Institut)
Tel.:  +49 3641 - 944971
Email: Prof. Dr. Gisela Mettele

• Exzellenznetzwerk "Aufklärung-Religion-Wissen"
• SFB 482 "Ereignis Weimar-Jena. Kultur um 1800"
• SFB 580 "Gesellschaftliche Entwicklungen nach dem Systemumbruch"
  

Graduiertenschule "Human Behaviour in Social and Economic Change"
(Sozial-, verhaltens-, und wirtschaftswissenschaftliche Fakultäten)

Direktor: Prof. Dr. Uwe Cantner (Volkswirtschaftslehre)
Tel.: +49 3641 943200
Email: Prof. Dr. Uwe Cantner

• Internationales DFG-Graduiertenkolleg 622 “Konflikt und Kooperation zwischen sozialen Gruppen”
• DFG-Graduiertenkolleg 1411 “The Economics of Innovative Change”
• DFG-Graduiertenkolleg 1402 “Menschenwürde und Menschenrechte - Entstehung, Entwicklung und Anwendung eines zentralen Wertekomplexes der Moderne”
• International Max Planck Research School "Adapting Behaviour to a Fundamentally Uncertain World"
• Graduiertenkolleg „Konstitutionelle Grundlagen globalisierter Finanzmärkte – Stabilität und Wandel"
• DFG Forschergruppe "Diskriminierung und Toleranz in Intergruppenbeziehungen"
• SFB 580 "Gesellschaftliche Entwicklungen nach dem Systemumbruch. Diskontinuität, Tradition, Strukturbildung"
• BMBF Junior Research Group "The Concept of Dignity in the Field of Genetic Engineering"
• CADS "Center for Applied Developmental Science"
• Promotionskolleg "Zeitstrukturen des Sozialen" am Institut für Soziologie

Jena School for Microbial Communication
(Natur- und lebenswissenschaftliche Fakultäten)

Leiter: Prof. Dr. Axel Brakhage (Institut für Mikrobiologie)
Tel.: +49 3641 532 1001
Email: Prof. Dr. Axel Brakhage

• International Leibniz Research School for Microbial and Biomolecular Interactions
• International Max Planck Research School "The Exploration of Ecological Interactions with Molecular and Chemical Techniques"
• DFG-Graduiertenkolleg 1257 “Alteration and element mobility at the microbe-mineral interface”

Jena School of Molecular Medicine
(Natur- und lebenswissenschaftliche Fakultäten)

Leiter: Prof. Dr. Reinhard Wetzker (Molekulare Zellbiologie)
Tel.: +49 (0) 3641 9325650
Email: Prof. Dr. Reinhard Wetzker

• Leibniz Graduate School on Ageing and Age-Related Diseases
• SFB 604 Graduate  Program on Multifunctional Signaling Proteins
• Graduate Program of the Interdisciplinary Centre for Clinical Research  (IZKF)     

Abbe School of Photonics
(Physikalisch-Astronomische, Chemisch-Geowissenschaftliche und Medizinische Fakultät)

Sprecher: Prof. Dr. Falk Lederer (Institut für Festkörpertheorie und - optik)
Tel.: +49 3641 947 960
Email: info-asp@uni-jena.de

DFG-Graduiertenkolleg 1412
Kulturelle Orientierungen und gesellschaftliche Ordnungsstrukturen in Südosteuropa
(Historisches Institut)

Sprecher: Prof. Dr. Wolfgang Dahmen (Institut für Romanistik)
Tel: +49 3641 944660
Email: Prof. Dr. Wolfgang Dahmen

DFG-Graduiertenkolleg 1523
Graduiertenkolleg „Quanten- und Gravitationsfelder“

Sprecher: Prof. Dr. Andreas Wipf (Theoretisch-Physikalisches Institut)
Tel.: +49 3641 947130
Email: Prof. Dr. Andreas Wipf

Doktorandenschule des Jena Center "Geschichte des 20. Jahrhunderts"
(Historisches Institut)

Leiter: Prof. Dr. Norbert Frei (Historisches Institut)
Tel.: +49 3641 944450
Email: Prof. Dr. Nobert Frei

Marie Curie Initial Training Networks "Controlled Systems"

Ansprechpartner in Jena: Prof. Dr. Hans-Jürgen Engelbert (Institut für Stochastik)
Email: Prof. Dr. Hans-Jürgen Engelbert